In halflive 2 schlüpft Mann erneut in die Rolle von Gordon Freeman und wird mit einem Zug nach City siebenten gebracht die von den combine kontrolliert wird. 
In halflive 2 wird die ganze Welt von den combine also eigentlich Nazi Diktator Aliens kontrolliert die auch für das geschehen in Teil eins verantwortlich waren den der symbiontenboss war nur ein Sklave der combine. Die combine eroberten die Erde innerhalb einer Stunde mithilfe ihrer riesigen Überzahl und Gordon freemann Mus wiedereinmall die Welt retten doch jetzt nichtmehr alleine den nun hat er einen mechanischen Hund und die junge (Name wird noch eingesetzt) an seiner seite